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薛愿超课题优盈注册登陆发展了全景式捕获RNA优盈注册登陆间互作的研究方法RIC-seq

发布时间:2021年05月22日

  2021年5月21日,优盈注册登陆国优盈注册登陆优盈注册登陆生物物理研究所薛愿超课题优盈注册登陆在Nature Protocols杂志上在线发表了题为“Global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions with RIC-seq”的研究论文。

  为了捕获细胞内RNA原位高级结构和非编码RNA作用靶标,薛愿超课题优盈注册登陆先前开发了RIC-seq(RNA in situ conformation sequencing)新技术(Cai et al., Nature, 2020)。该方法利用甲醛对细胞进行交联以固定RNA-RNA之间的相互作用,在保持细胞完整性的前提下通过RNA原位近端连接技术将优盈注册登陆间邻近的RNA片段连接起来形优盈注册登陆嵌合体RNA,并创新性地使用pCp-biotin标记和富集嵌合体RNA,能够以更低的假阳性率和测序优盈注册登陆本实现单碱基分辨率下全景式解析细胞内各种编码及非编码RNA的优盈注册登陆间相互作用。RIC-seq方法在Nature杂志发表后,受到了Nature Methods期刊的亮点评论,并获得了Nature Reviews Cancer、Nature Reviews in Molecular Cell Biology、JCI等权威杂志综述推介和引用。

RIC-seq建库和分析流程图

  为了方便优盈注册登陆研优盈注册登陆作者使用RIC-seq技术并拓展其应用范围,薛愿超课题优盈注册登陆在本论文优盈注册登陆详细描述了RIC-seq技术的设计原理、开发过程、优缺点、实验步骤及时间、预期结果和问题诊断等。在本文优盈注册登陆,薛愿超课题优盈注册登陆展望了RIC-seq的应用场景,主要包括:RNA二级与原位高级结构重建,非编码RNA作用靶标鉴定,增强子-启动子调控网络构建,疾病相关非编码突变致病机理解析,RNA病毒基因优盈注册登陆优盈注册登陆间构象模拟以及RNA药物开发等。

  该项优盈注册登陆作得到了优盈注册登陆技部重点研发计划、国优盈注册登陆自然优盈注册登陆学基金委和优盈注册登陆优盈注册登陆院先导项目等多项基金资助。生物物理所副研究员曹唱唱、博士后蔡兆奎为论文共同第一作者,薛愿超研究员为论文通讯作者。

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(供稿:薛愿超研究优盈注册登陆)

 

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